Świątynia parafialna w Niewodnicy Kościelnej - na zachodnim krańcu rozległej diecezji wileńskiej - została ufundowana przez Andrzeja i Elżbietę z Karpiów Koryckich. Stosowny dokument został wystawiony w dniu 30 stycznia 1596 roku w niewodnickim dworze fundatorów. Pierwsza drewniana świątynia, wielokrotnie remontowana, przetrwała do lat osiemdziesiątych XIX w. Po upływie blisko trzech stuleci konieczne stało się wzniesienie nowego kościoła. W latach zaborów i represyjnej polityki carskiej, skierowanej przeciwko katolikom, uzyskanie pozwolenia na budowę było zadaniem niezwykle trudnym.

Mimo przeciwności, dzięki zaangażowaniu ks. proboszcza Antoniego Dowbora i niewodnickich parafian w latach 1884-1889 na miejscu dawnej drewnianej świątyni wzniesiono nową, murowaną budowlę. Zasadnicze prace budowlane zakończyło poświęcenie kościoła pod wezwaniem św. Antoniego, 22 października 1889 r. Prace nad wyposażeniem i wykończeniem kościoła, które nadały mu obecny wygląd, trwały jeszcze w następnych latach.

Pierwszą informację o wizerunku św. Antoniego w niewodnickiej świątyni zapisano 17 sierpnia 1674 r. Tego dnia wizytator odwiedzający kościół zapisał: „Po lewej stronie ołtarz trzeci św. Antoniego, gdzie in medio św. Antoni malowany”. Obraz był zasłaniany jedwabną tkaniną i ówczesnym zwyczajem umieszczony w zamykanej nadstawie ołtarzowej. Od tego czasu wizerunek zaczęły zdobić wota, znak szczególnego kultu. W latach 80. następnego stulecia w kościele przechowywano 40 srebrnych tabliczek wotywnych i korony na głowy Świętego i spoczywającego na jego ramieniu Dzieciątka. Także obecnie odwiedzający Niewodnicę wierni ofiarowują wota, które umieszczane są na sąsiadującej z ołtarzem tablicy.

W drugiej połowie XIX wieku sanktuarium św. Antoniego było tak znane, iż to właśnie w Niewodnicy odbyło się specjalne „uroczyste nabożeństwo z odpustem na intencję oswobodzenia Ojczyzny”. 13 czerwca 1860 r. „do mizernego, lecz słynącego cudami kościoła niewodnickiego podążyły procesje ze wszystkich kościołów dziekanatu białostockiego. Niezliczone tłumy wzięły udział w tej podniosłej manifestacji”. Na wzrost popularności sanktuarium wpłynęło sąsiedztwo dynamicznie rozwijającego się przemysłowego ośrodka miejskiego i budowa kolei warszawsko-petersburskiej w początku lat 60. XIX w. Tradycyjnie, na czerwcowy odpust do Niewodnicy pieszo wędrowały grupy wiernych z Białegostoku. Zwykle drogi wiodły wzdłuż torów kolejowych i od strony Starosielc. Z dalszych okolic i wsi wierni przybywali wozami konnymi. Już w przeddzień odpustu Niewodnica zapełniała się furami rozlokowanymi w lasach i na podwórzach miejscowych gospodarzy. Mimo, iż obecnie wozy zostały zastąpione samochodami, a obecność wiernych rozkłada się prawie równomiernie na wszystkie Msze (niegdyś największą popularnością cieszyła się uroczysta suma), w dniu odpustu drogi dojazdowe do kościoła są trudne do przebycia.

Od kilku lat na odpust przybywają zorganizowane pielgrzymki piesze z sąsiednich parafii. Nieustannie niewodnickiemu odpustowi towarzyszą malownicze stragany. Mimo, iż ostatnio w „straganiarskiej” ofercie ubywa towarów tradycyjnie sprzedawanych przy okazji kościelnych uroczystości, ciągle można nabyć nanizane na sznurek obwarzanki, a wsród słodyczy od dziesięcioleci dostępne są „kogutki”, „grzybki”, „świderki” i „maki”. Na straganach ustawionych wzdłuż przykościelnej drogi niezmiennie sprzedawane są charakterystyczne dla niewodnickiego odpustu drewniane grabie do siana.

Mimo, iż odpustu nie przekłada się na niedzielę, zawsze główne uroczystości odbywają się 13 czerwca - sanktuarium niewodnickie „na Antoniego” wypełniają tłumy pielgrzymów. W czasie czerwcowych dni odpustu kościół niewodnicki opasany jest licznymi konfesjonałami ze spowiadającymi księżmi. Z odpustem nieodłącznie związany jest zwyczaj ofiarowania świec wotywnych. Wierni, zostawiając ofiarę przy wejściu do świątyni, otrzymują świece, które następnie składają przed wizerunkiem św. Antoniego. Także obecnie świece wotywne opatrzone są staroświecko brzmiącym, tradycyjnym napisem: „Ku czci pamięci św. Antoniego”. Sprzed ołtarza świętego patrona wierni kierują się do relikwiarza ustawionego na środku ołtarza. Po adoracji relikwii część pątników tradycyjnie, na kolanach, modląc się, obchodzi ołtarz główny.